Endonezya Cumhuriyeti İstanbul Başkonsolosluğu geçerli kanunlar çerçevesinde Endonezya’nın önceliklerinin korunması, konsolosluk faaliyetlerinin yürütülmesi, çalışma bölgesi olan İstanbul, Balıkesir, Bursa, Çanakkale, Edirne, Tekirdağ, Kırklareli, Kocaeli ve Yalova illerinde ikamet eden Endonezyalı vatandaşlara hizmet sağlanması görevlerini yürütmektedir.
Endonezya Cumhuriyeti İstanbul Başkonsolosluğu, yukarıda bahsedilen görevlerin yerine getirilmesinin yanı sıra Türkiye ile olan ikili ekonomik ilişkilerin geliştirilmesi görevini de yerine getirmektedir.